Santa Marta, se encuentra a orillas de la bahía del mismo nombre sobre el Mar Caribe, en las estribaciones de la Sierra Nevada de Santa Marta en el departamento del Magdalena. Sus coordenadas geográficas son: 11º 14’ 50” de latitud norte y 74º 12’ 06” de latitud oeste.
La altura promedio de la ciudad es de 2 msnm, pero con una diferencia de altura que va, en el territorio del municipio, desde el nivel del mar hasta los 5.775 msnm en el Pico Cristóbal Colón, que es el más elevado de toda Colombia ubicado en la Sierra Nevada de Santa Marta.
Santa Marta es un puerto de importancia para el país, gracias a su
ubicación geográfica pues posee un calado natural que beneficia el
transcurso y los abordajes de los barcos, además de ser el puerto más
profundo del continente americano y uno de los más seguros del mundo.
Por lo tanto, muchas son las embarcaciones comerciales llegan a la
ciudad, lo cual contribuye a la economía de la región. La Sociedad
Portuaria de Santa Marta es la organización encargada de los puertos. La ciudad es atravesada por los ríos Manzanares y Gaira, que se originan en las faldas de la Sierra Nevada de Santa Marta y desembocan en la Bahía de Santa Marta en las playas conocidas popularmente como Los cocos, y puerto Gaira,
respectivamente. Asimismo en su origen y primer tramo al río Manzanares
se le llama río Bonda cuya agua es apta para bañistas. A medida que
fluye hacia el área urbana, luego de pasar por Mamatoco el río continúa
su curso cerca de la Quinta de San Pedro Alejandrino,
los barrios que bordean la parte sur de la Avenida del Río y para
cuando entra en la calle 30, ya ha recibido las aguas de la quebrada
Tamacá, finalmente en la última parte de su recorrido transita por el
barrio del mismo nombre.
El río Manzanares que en algún momento proveyera de agua limpia a los
primeros colonos, es hoy un ícono en la ciudad de desequilibrio
ambiental debido a la erosión de su ribera y a la contaminación.
El río Gaira en su parte baja recorre el comuna de Gaira-Rodadero en el sur, en su parte alta recorre el corregimineto de Minca.
